بسیاری از مورخان بر این باورند که جزیره کیش در پی یک پدیده زمین‌شناسی ایجاد شده که در آن شبه جزیره عربستان از آفریقا جدا و به قاره آسیا پیوسته است. سواحل این جزیره نیز به دلیل داشتن شرایطی همچون عمق کم و نور زیاد جای مناسبی برای رشد مرجان‌ها و سایر آبزیان بوده است.

جزیره‌ کیش در زمان اشکانیان، ساسانیان و هخامنشیان بخشی از ایران بوده است؛ اما در زمان حکومت خلفای اموی این جزیره از تسلط ایران خارج شد. خاندان آل‌بویه مجددا توانست کیش را تحت تسلط ایران درآورد. در قرن شانزدهم و همزمان با رونق اقتصادی در اروپا، پرتغالی‌ها کشتی‌های خود را برای مدیریت تجارت مشترک به اقیانوس هند فرستادند. آن‌ها پس از به آتش کشیدن مسقط و چند جزیره دیگر، در شهر هرمز توقف کردند و از ‌امیر هرمز و کیش خواستند تا تسلیم شود. ‌امیر درخواست آن‌ها را رد کرد و پرتغالی‌ها نیز هرمز و کیش را به تصرف خود درآوردند. در نهایت عباس صفوی توانست کیش را از اشغال پرتغالی‌ها آزاد کند.

کیش به معنای تیردان است و این نام به دلیل وجود بلندی‌های مشابه به تیر در اطراف شهر انتخاب شد؛ البته در زبان پهلوی باستان، کیش به کانال عمیقی گفته می‌شود که محل خروج آب از قنات است. از آنجایی که این شهر تنها جزیره دارای قنات آب شیرین در خلیج فارس به حساب می‌آید، ممکن است به این دلیل هم نام کیش را برایش انتخاب کرده باشند. پس از تسلط اعراب به این منطقه تا دوران قاجار کم و بیش به این جزیره «قیس» هم می‌گفتند؛ اما در دوران پهلوی دوباره این نام به «کیش» تغییر یافت.